A  congregação das Irmãs de São José foi fundada em 15 de outubro de 1650, em Puy, na França, pelo Pe. Jean Pierre Médaille, S.J.
Em 1858, a pedido do Bispo de São Paulo, D. Antonio Joaquim de Melo, vieram para o Brasil sete religiosas para dirigir um Colégio para meninas, o futuro Colégio Nossa Senhora do Patrocínio, em Itu, cuja direção ficou a cargo de Madre Maria Theodora Voiron, então com apenas 24 anos de idade, posto em que permaneceu até 1921.
Em 1º de fevereiro de 1924, deu-se início às aulas no São José de Santos, trabalho organizado por Irmã Maria Simpliciana. O antigo Colégio São José funcionava em uma residência na Rua Dr. Cochrane, nº 53, com o curso primário misto.
Sempre crescendo, exigiu espaço. Por isso, um novo prédio foi construído para comportar o número maior de alunos e oferecer mais conforto. Em abril de 1925, o Colégio São José passou a funcionar na Avenida Ana Costa, nº 373, com 90 alunas.
Em 1926 foi criado o curso Complementar, com classes especiais até 7º, 8º, 9º anos.
Em fevereiro de 1929 foi criada a Escola Normal Livre tendo formado a primeira turma, com 22 professoras, em dezembro de 1932.
Em 1935 foi instalado o curso de Comércio, que esteve em atividade até 1955.
Em 1943 começou a funcionar o 2º ciclo, Colegial Clássico e Científico.
Em 1953, então sob a Direção de Madre Albertina, foi inaugurada a Capela do Colégio São José, uma das maiores da Diocese de Santos.A 19 de março de 1957, deu-se a fundação da Associação das Ex-Alunas do Colégio São José, hoje Associação Promocional São José.
As irmãs de São José não se atêm ao exercício do Ensino às jovens que seguem os diversos cursos de seu estabelecimento. Prestam também serviço à Comunidade, socorrendo e amparando famílias reconhecidamente sem recursos, mantendo obras assistenciais e colaborando, juntamente com seus professores e alunas, em diversas creches e asilos da região. Mantêm aqui no Colégio, à noite, um Curso Supletivo de Ensino Médio, misto, para pessoas carentes.
Em seus anos de existência, o Colégio São José de Santos tem mantido sempre vivos os seus mais caros ideais, ou seja, a formação integral, física, social, humana e cristã dos alunos, com o fim de levá-los, enquanto agentes de sua própria educação, a libertação na renovação da família, da sociedade e da Igreja (art. 4º do Regimento Interno).

Fotos Antigas – Século XIX (década 20) ao início do século XX.